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實驗室離心機分離效果除與離心機種類和離心方法等因素有關，離心機轉速、分離時間、分離溫度和介質溶液PH值等條件也至關重要。
一、實驗室離心機轉速：離心力大小取決于轉子的轉速和離心半徑。在說明離心條件時，低速離心通常以轉子每分鐘的轉數（rpm）表示。在高速離心，特別是超高速離心時，往往用相對離心力（RCF）表示。實際工作中，離心力通常指相對離心力的平均值，即離心管中點的離心力。
二、實驗室離心機的分離時間：
分離時間因離心方法不同而有差別。
對于差速離心，分離時間是指顆粒*沉降到離心管底的時間。
對于速率區帶離心，分離時間是指形成界限分明的區帶的時間。
對于等密度區帶離心，分離時間是指顆粒*到達等密度點的平衡時間。
對于速率區帶離心所需的區帶形成時間和等密度區帶離心所需的平衡時間，影響因素很復雜，可通過試驗確定。
三、分離溫度：為了防止分離物質的凝集、變性和失活，除了注意離心介質的選擇外，還必須控制好分離溫度，分離溫度一般控制在4℃左右。對于熱穩定性較好的物質，可在室溫下進行離心分離。在高速離心或超高速離心時，轉子高速旋轉會發熱從而引起溫度升高，必須采用冷凍系統，使溫度保持在一定范圍內，所以這種情況下推薦使用實驗室高速冷凍離心機。
四、介質溶液PH值：離心介質溶液PH值應該處于分離物質穩定的PH范圍內，必要時可采用緩沖液。另外，過酸、過堿可能引起轉子和離心機其它部件的腐蝕，應盡量避免。
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